Jika radang usus dibiarkan tanpa penanganan yang tepat, berbagai komplikasi serius bisa terjadi dan memengaruhi kesehatan jangka panjang. Salah satu komplikasi yang paling umum adalah penyempitan atau sumbatan pada usus akibat jaringan parut yang terbentuk karena peradangan kronis. Kondisi ini dapat menghambat aliran makanan dan menyebabkan rasa nyeri hebat, mual, hingga muntah. Selain itu, penderita juga berisiko mengalami perforasi atau robeknya dinding usus, yang dapat mengakibatkan infeksi berat di dalam rongga perut (peritonitis), sebuah kondisi darurat medis yang memerlukan tindakan segera. Komplikasi lainnya termasuk perdarahan hebat, pembentukan abses atau kantong nanah, serta terbentuknya fistula—saluran abnormal yang menghubungkan usus dengan organ lain seperti kandung kemih atau kulit. Dalam jangka panjang, radang usus yang tidak terkendali juga meningkatkan risiko kanker usus besar, terutama jika sudah berlangsung selama bertahun-tahun. Karena itu, pengelolaan sejak dini sangat penting untuk mencegah komplikasi yang lebih berbahaya dan menjaga kualitas hidup penderita.